咖啡因在攝取後45分鐘內被胃和小腸完全吸收。吸收後它會分布於身體的所有器官之中。咖啡因的半衰期，即身體轉化所攝取咖啡因的一半量所用的時間，在不同個體之間差異極大 ,一個健康成人的咖啡因的半衰期大約是3-4個小時。
咖啡中的咖啡因含量極大程度上依賴於咖啡豆的品種和咖啡的製作方法，甚至同一棵樹上的咖啡豆中的咖啡因含量都有很大的區別。一般來說一杯咖啡中咖啡因的含量從40毫克到濃咖啡中的100毫克。深焙咖啡一般比淺焙咖啡的咖啡因含量少，因為烘焙能減少咖啡豆裡的咖啡因含量。
咖啡因的代謝在肝臟中發生，最終通過尿液排泄出體外。
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